Akibat perang yang besar, diseluruh dunia hanya tersisa 6 kota saja yang masih berdiri. Dan No. 6 adalah kota baru yang dibentuk untuk mempertahankan salah satunya. 4 Tahun yang lalu, hidup Shion yang masih berumur belasan tahun bener-bener sempurna. Dia tinggal dirumah besar dengan damai bersama ibunya dan jadi murid berprestasi di sekolahnya. Dia juga punya temen perempuan yang manis bernama Safu. Semuanya berubah waktu Shion nggak sengaja menyelamatkan anak laki-laki yang menyelinap ke kamarnya dengan keadaan luka di lengan. Anak laki-laki itu menyebut dirinya Nezumi (tikus). Shion mengetahui bahwa anak itu adalah buronan yang sedang dicari oleh negara. Tetapi meski begitu karena ketulusan hatinya, dia tetap menolong anak laki-laki tersebut. Tindakan baik hati tersebut memberinya seorang teman baru, tetapi pada saat yang sama menjadikannya sasaran kecurigaan otoritas kota No. 6. Saat ketahuan bahwa Shion menyembunyikan seorang buronan, Shion dan ibunya pindah ke Lost Town (kota pinggiran) dan bertempat tinggal di rumah kecil. Dan menjalani kehidupan dengan cukup bahagia. Tapi Shion tidak akan bertemu lagi dengan anak laki-laki itu.