AKB0048 bercerita tentang sekelompok gadis-gadis dari berbagai planet. Beberapa tempat hiburan dilarang dan beberapa diantaranya tidak berusaha untuk menjadi idola besar dan ada juga yang bergabung ke AKB0048. Oleh karena itu, mereka berpartisipasi dalam ujian masuk dan akhirnya menjadi seorang idola. Yang bertujuan untuk suatu hari nanti menggantikan anggota AKB0048 yang akan datang .