Ao no 6-gou Zorndyke yang merupakan seorang Ilmuwan terkenal dan dihormati telah mengembangkan sebuah mahkluk baru di lautan. Mahkluk yang dia kembangkan tersebut, memiliki kemampuan di atas rata-rata manusia dan justru membahayakan umat manusia. Dan inilah cerita dari armada laut kapal selam terutama kapal selam no 6 untuk mengakhiri kegilaan dari mahkluk buatan Zorndyke.