Asura Cryin bercerita tentang Natsume Tomoharu yang merupakan siswa SMA yang normal seperti siswa-siswa lainnya yang ada di sekolah, tapi ada satu hal yang aneh dia sedang diikuti oleh hantu sahabatnya, Misao.

Setelah pindah ke rumah lama kakaknya, Tomoharu mengharapkan untuk terus menjalani hidup normal tetapi satu hari tersisa dengan tas misterius dan terkunci tanpa instruksi apapun Awalnya ia berencana untuk meninggalkannya dalam penyimpanan;. Namun, rumahnya segera diserbu oleh beberapa kelompok orang yang membawa tas koper. Meskipun masih belum mengetahui tujuan dari mereka apa dan isi tas itu, Tomoharu dan Misao mencoba untuk melarikan diri.

Dari sana, Tomoharu mencoba untuk mempelajari rahasia di balik tas kerja tersebut, hubungan antara dan Misao, dan mengapa ia memiliki kekuatan untuk mengubah dunia.

Asura Cryin’ 2 season 2 dari anime ini yang menceritakan Setelah musim pertama, Tomoharu kini menghadapi dilema: jika dia tidak membentuk kontrak dengan “Akuma”, ia risiko kehilangan teman dekatnya Takatsuki. Namun, hal tersebut akan membahayakan eksistensi sendiri karena akan mengakibatkan dia dan teman hantunya Misao menjadi ancaman terbesar Asura Cryin, menurut ketua sekolah mereka. Untuk membuat keputusan lebih keras, Tomoharu dan Misao telah pulih beberapa kenangan-kenangan masa lalu mereka tentang dunia yang pernah mereka bahkan tidak tahu ada.