Boku wa Mari no Naka Isao Komori merupakan mahasiswa yang semenjak tahun kedua berhenti berkuliah dan malah bermain gim di kamarnya. Setiap malam, dia pergi ke minimarket untuk dapat bertemu dengan Mari, perempuan yang dijuluki “Sang Malaikat Minimarket” olehnya yang juga datang setiap hari ke minimarket itu. Suatu ketika, kala dia mengikuti Sang Malaikat itu, keesokan harinya dia menyadari bahwa jiwanya sudah berpindah ke tubuh Sang Malaikat itu. Komori pun mencoba menjalani keseharian Mari, sekaligus mencari keberadaan Mari.