Bungou Stray Dogs bercerita tentang Nakajima Atsushi yang ditendang keluar dari panti asuhan, dan sekarang ia tidak memiliki tempat untuk pergi dan tidak ada makanan. Sementara ia berdiri di tepi sungai, di ambang kelaparan, ia menyelamatkan seorang pria jenaka yang mencoba bunuh diri. Orang itu adalah Dazai Osamu, ia dan pasangannya Kunikida adalah anggota dari kantor detektif yang sangat istimewa. Mereka memiliki kekuatan gaib dan menyelidiki kasus yang terlalu berbahaya bagi polisi atau militer. Mereka melacak harimau yang telah muncul di daerah baru-baru ini, sekitar waktu Atsushi datang ke daerah tersebut. Harimau tampaknya memiliki koneksi ke Atsushi, dan pada saat kasus ini diselesaikan, jelas bahwa masa depan Atsushi akan terlibat lebih dari jauh dalam kehidupan detektif!