Captain Herlock ini adalah versi remake dari anime lamanya, yang masih memiliki cerita yang sama. Di masa depan, di 2977 masehi, umat manusia telah membuat peradaban di luar angkasa, namun perlahan tapi pasti tidak tahan terhadap ennui atau keputusasaan, sering kali karena kekalahan dan ditaklukkan oleh penjajah asing. Bangkit dari apatis umum, Harlock tidak terima kekalahaan dan memimpin kru buangan menaiki kapal angkasa Arcadia untuk melakukan serangan terhadap para penindas Bumi. Penindas utama mereka adalah Mazone, bangsa alien wanita yang berasal dari tumbuhan organik yang menjelajahi Bumi di masa lalu dan kembali untuk menguasainya.