Claymore bercerita tetang Ketika setan yang dapat berubah bentuk dan sangat haus akan daging manusia merekalah yang di sebut dengan nama “Youma” telah menyerang desa yang di tinggali oleh Raki , seorang wanita lajang dengan mata perak masuk ke kota dengan hanya membawa pedang di punggungnya . Dia adalah “Claymore” manusia buatan yang di buat dari setengah manusia dan Youma yang memiliki sebuah tujuan untuk membunuh para Youma yang meresahkan rakyat dan kekerajaan . Setelah keluarga Raki terbunuh , Claymore menyelamatkan nyawanya , tapi kemudian dia diusir dari desanya . Tanpa tempat lain untuk tinggal , Raki menemukan Claymore yang bernama Clare dan memutuskan untuk mengikutinya dalam perjalanannya membasmi Youma .

Seiring dengan perjalanan waktu keduanya pergi mencari keberadaan mahkluk tersebut dari kota ke kota , mengalahkan mereka semua di sepanjang jalan , lebih banyak tentang organisasi Clare dan rekan-rekan prajuritnya terungkap . Dengan setiap kota disucikan dan setiap iblis lacknat tersebut , mereka akhirnya mulai mendekati sebuah Youma yang ingin di bunuh Clara demi membalaskan dendam di masa lalu