Code Geass: Fukkatsu no Lelouch menceritakan kelanjutan dari movie sebelum nya. Sejak kematian kaisar Inggris yang paling jahat satu tahun yang lalu. Dunia telah menikmati kedamaian yang belum pernah terjadi sebelumnya di bawah bimbingan Federasi Serikat Bangsa-Bangsa. Tetapi sekarang, perdamaian itu tiba-tiba berakhir.

ketika para militan bersenjata berhasil menculik mantan puteri Nunnally vi Britannia dan Suzaku Kururugi. Ketika saat Suzaku pergi dan menjadi “Zero” dan pergi mengunjungi kamp pengungsi, mereka dikalahkan oleh Knightmare Frame yang misterius, dan mereka berdua dibawa pergi. Mengikuti perintah rahasia dari Schneizel, Kallen, Lloyd dan Sayoko menyusup ke Zilkistan, Negeri Prajurit, di mana mereka diserang oleh pengguna Geass yang misterius. Di Zilkhstan ada seseorang bernama C.C., yang dikenal oleh para penyerang sebagai “former master”.