Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen – Mirai-hen bercerita demi menyelamatkan dunia dari kekacauan . Pondasi Masa Depan dibentuk. Meski organisasi ini terus berusaha memulihkan dunia , Makoto Naegi tetap dituduh berkhianat karena dia melindungi sisa-sisa Zetsubou . Para anggota Pondasi Masa Depan pun berkumpul untuk memutuskan hukumannya , tapi mereka malah terjebak di dalam permainan Monokuma, permainan di mana saling bunuh membunuh kembali terjadi .

Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen – Kibou-hen sendiri bercerita tentang final dari seri anime ini yang akan ketahuan siapa di balik dalam kekacauan yang amat parah yang terjadi di seluruh dunia dan sudah memakan banyak nyawa orang yang tidak berdosa .