Tiga puluh tahun sebelum peristiwa Date A Live, sebuah ledakan besar menghancurkan Asia Timur dan membunuh 150 juta orang. Ini adalah “Gempa Bumi” yang pertama diketahui, bencana alam yang tak dapat dijelaskan yang sejak saat itu menjadi hal yang biasa. Kembali ke cerita. Tahun kedua SMA Shidou Itsuka tinggal sendirian dengan adik perempuannya yang lucu sementara orang tua mereka pergi entah kemana dan tidak pernah pulang.

Saat bergegas menyelamatkan adiknya dari Gempa yang datang secara tiba-tiba, Shidou terjebak dalam ledakan dan, di tengah kekacauan, menemukan seorang gadis misterius. Ternyata gadis ini sebenarnya adalah Spirit, makhluk kuat dari dunia lain yang kedatangannya menghancurkan daerah sekitarnya. Syukurlah, Shidou diselamatkan oleh tim Anti Spirit … Yang dipimpin oleh adik perempuannya ?!