Detective Conan Movie 25 Shibuya, Tokyo, ramai dengan musim Halloween. Sebuah pernikahan sedang diadakan di Shibuya Hikarie, di mana Miwako Sato mengenakan gaun pengantin. Sementara Conan dan tamu undangan lainnya sedang menonton, seorang penyerang tiba-tiba menyerbu masuk, dan Wataru Takagi, yang berusaha melindungi Sato, terluka.

Takagi selamat dan situasinya tenang, tetapi di mata Sato, bayangan malaikat maut yang dia lihat ketika Jinpei Matsuda, pria yang dia cintai, terbunuh dalam serangkaian pemboman tiga tahun lalu, tumpang tindih dengan Takagi. Pada saat yang sama, pelaku pengeboman melarikan diri dari penjara. Rei Furuya/Toru Amuro, seorang anggota polisi keamanan publik, sedang memburu orang yang membunuh teman sekelasnya, tetapi orang misterius yang menyamar tiba-tiba muncul dan memasang bom kerah padanya.

Conan mengunjungi tempat perlindungan bawah tanah tempat Amuro bersembunyi untuk melucuti bom kerah, dan mendengar tentang insiden tiga tahun lalu ketika dia dan teman-teman sekelasnya yang sekarang sudah meninggal dari akademi kepolisian bertemu dengan seorang pembom virtual tak dikenal bernama “Plamya” di Shibuya. Saat Conan dan timnya menyelidiki, bayangan yang mengganggu mulai membayangi mereka.