Fate Grand Order bercerita pada tahun 2015, saat era terakhir berakhir di mana sihir masih memegang pengaruh yang kuat. Organisasi Keselamatan dan Keamanan Umat Manusia, Chaldea, dibentuk untuk mengawasi dunia yang hanya bisa dilihat dengan sihir dan dunia yang hanya bisa diukur oleh ilmu pengetahuan; serta untuk mencegah kepunahan umat manusia.