Genki Bakuhatsu Ganbaruger berpusat pada Koutarou adalah seorang anak yang sedang dilatih oleh ayahnya untuk menguasai seni ninja. Namun, sebuah kecelakaan terjadi ketika bom latihan yang digunakan tidak sengaja meledak dan merusak sebuah kuil kuno. Akibat insiden tersebut, segel yang menahan iblis besar yang dijaga oleh Eldoran menjadi rusak dan makhluk itu hampir terbebas.

Eldoran berhasil menahan kembali iblis tersebut, tetapi salah satu pelayannya berhasil melarikan diri. Pelayan itu kemudian berusaha membebaskan tuannya dan menimbulkan ancaman baru bagi dunia. Untuk menghentikan rencana tersebut, Eldoran memberikan tiga robot raksasa Gotiger, King Elephan, dan Mach Eagle kepada Koutarou dan dua sahabatnya.

Selain itu, mereka juga menerima pakaian khusus yang memberi kekuatan unik kepada masing-masing. Dengan kekuatan baru tersebut, Koutarou dan teman-temannya membentuk tim pahlawan bernama Miracle Ninja Ganbare Team. Bersama-sama, mereka berjuang melindungi dunia dari ancaman iblis yang ingin bangkit kembali.