Grand Blue Season 2 seperti judul nya, ini musim kedua anime oolong yang masih melajutkan kisah Iori dan teman-teman kampus yang penuh dengan anomali. Kitahara Iori, seorang mahasiswa baru di Izu University, punya harapan sederhana: menjalani masa kuliah yang seru, penuh kebebasan, dan tentu saja dikelilingi cewek-cewek cantik. Karena kampusnya jauh dari rumah, Iori pun tinggal di rumah pamannya yang juga mengelola toko penyewaan alat selam di tepi pantai.

Namun, semua rencana indah Iori buyar saat dia tanpa sengaja terseret ke dalam klub menyelam bernama Peek a Boo. Klub ini isinya hampir semua cowok (yang… agak gila), dan satu-satunya anggota cewek hanyalah dua sepupunya sendiri, Nanaka dan Chisa, yang baru kembali dia temui setelah 10 tahun. Nanaka kini jadi wanita dewasa yang memesona, sedangkan Chisa tumbuh jadi gadis manis yang kelihatannya kalem, walaupun kenyataannya tidak sesederhana itu.

Alih-alih menemukan cinta kampus yang manis, Iori justru disambut dengan pesta gila, kelakuan absurd para anggota klub, dan banyak kejadian aneh yang bikin hidupnya jungkir balik. Tapi di balik semua kekacauan itu, ia mulai menemukan arti kebersamaan, persahabatan, dan serunya dunia menyelam yang belum pernah ia bayangkan sebelumnya.