Hadashi no Gen Menceritakan mengenai Nakaoka Gen, seorang anak laki-laki berumur 6 tahun dan keluarganya yang tinggal di Hiroshima pada waktu perang dunia kedua. Keluarga Gen yanghidup pas-pasan semakin menderita karena saat itu barang berharga mereka terutama yang terbuat dari besi diambil secara paksa oleh tentara Jepang untuk dijadikan senjata.

Kehidupan milik Gen dan keluarganya, hancur dalam sehari ketika pesawat Amerika lewat dan menjatuhkan bom atom “Little boy” yang sanggup melelehkan besi dan beradiasi. Kehilangan rumah, ayah serta saudaranya, Gen dan ibunya, Kimie, harus berjuang untuk hidup menghadapi kondisi Hiroshima saat itu yang telah hancur sementara makanan dan air minum telah terkontaminasi.