Himawari! bercerita tentang Himawari Hinata baru dipindahkan ke Sekolah Shinobi (Ninja) untuk berlatih menjadi kunoichi (ninja wanita) terhebat. Dia ingin menjadi seorang ninja sejak irinya diselamatkan oleh seorang ninja ketika saat masih kecil. Pada hari pertama, dia bertemu Hayato Madenokoji (guru pindahan baru) yang mungkin dulu menyelamatkan hidupnya. Hayato tidak memiliki keterampilan atau sifat ninja yang menonjol, dia mengajar ninja tentang untuk melunasi utangnya. Namun, Himawari memperhatikan bahwa Hayato memiliki tanda yang sama dilehernya dengan ninja yang menyelamatkannya ketika dia masih muda. Apakah Hayato adalah ninja tersebut? Gimanakah kisah Himawari dalam menuntut ilmu di sekolah ninja?