Holy Knight Cerita berpusat di sekitar yatim pemalu bernama Mizumura Shinta yang pergi ke sekolah misionaris di Tokyo. Hidupnya berubah tampaknya normal ketika seorang gadis setengah manusia yang indah Rumania bernama Lilith tiba-tiba transfer ke sekolahnya. Mizumura menemukan bahwa ia sebenarnya seorang pemburu vampir dan penerus garis keturunan Romuald.