Movie Kara no Kyoukai Chapter 2 Part A bercerita pada musim dingin tahun 1995, Mikiya Kokutou melewati seorang wanita muda saat larut malam saat bersalju. Berbalut kimono putih yang mencolok dan dengan tatapan penuh teka-teki, Shiki Ryougi tersenyum pada Mikiya yang menatap dengan penuh rasa ingin tahu. Pada saat musim semi, Mikiya memperhatikan Shiki saat menghadiri upacara masuk SMA-nya, dan mereka saling kenalan pada siang harinya. Saat Shiki mulai membuka diri kepadanya, Mikiya belajar tentang dirinya yang unik.

Sementara itu, serangkaian pembunuhan yang belum pernah terjadi sebelumnya terjadi di Kota Mifune. Yang tampaknya saling terkait, pembunuhan ini sangat brutal dan memerlukan penyelidikan polisi berskala besar. Karena sepupunya bekerja sebagai penyidik polisi, Mikiya diberi informasi tentang penyelidikan. Prihatin dengan keamanan Shiki, Mikiya memutuskan untuk memantau tindakannya, namun dengan berbuat demikian, dia tersandung pada penemuan yang benar-benar menakutkan yang mengubah hidupnya selamanya.