Kimi no Iro Totsuko adalah seorang siswi SMA yang memiliki kemampuan melihat “warna” dari perasaan orang lain, seperti kebahagiaan, kegembiraan, dan ketenangan. Di antara semua warna yang pernah ia lihat, warna yang dipancarkan Kimi, teman sekelasnya, adalah yang paling indah.

Meskipun tidak bisa memainkan alat musik, Totsuko membentuk sebuah band bersama Kimi dan Rui, seorang pencinta musik pendiam yang mereka temui di sebuah toko buku tua di sudut kota. Mereka mulai berlatih di sebuah gereja tua di pulau terpencil, di mana musik mempererat persahabatan mereka dan menumbuhkan perasaan yang lebih dalam. Akankah mereka menemukan warna sejati mereka?