Kindaichi Shounen no Jikenbo mengikuti petualangan Hajime Kindaichi, seorang siswa SMA yang menjadi detektif amatir yang cerdas dan licik. Dia adalah cucu dari seorang detektif terkenal dan diwarisi bakatnya dalam memecahkan misteri. Dengan temannya, Miyuki Nanase, dan seorang detektif polisi Isamu Kenmochi. Bersama-sama, mereka memecahkan berbagai kasus misteri yang terjadi di sekitar mereka.

Setiap episode menampilkan kasus yang berbeda-beda, mulai dari pembunuhan, pencurian, hingga misteri supernatural. Dengan kecerdasan dan naluri detektifnya, Kindaichi berhasil memecahkan kasus-kasus tersebut dan membawa para pelaku keadilan. Selain itu, serial ini juga menampilkan banyak karakter pendukung yang unik dan menarik, serta memainkan musik-musik yang menegangkan dan mendebarkan.