Armed Girl’s Machiavellism bercerita tentang Fudou Nomura merupakan seorang murid SMA yang sering terlibat dalam perkelahian besar . Atas tindakannya itu , dia malah dipindahkan ke sekolah dimana para cewek diperbolehkan membawa senjata untuk mengatur dan memberi pelajaran bagi para cowok jika mereka berbuat ulah. Tak lama setelah kepindahannya , akibat ulahnya , dia menjadi incaran seorang cewek bernama Rin Onigawara , yang juga merupakan seorang anggota dari kelompok Lima Pendekar Pedang Penguasa yang menguasai sekolah . Demi membebaskan dirinya dari semua aturan dan hukuman , dia harus mengalahkan Lima Pendekar Pedang Penguasa .