Mahoutsukai Reimeiki Perang panjang antara Gereja dan para Penyihir selama lima abad telah berakhir dengan damai. Meskipun begitu, bara konflik tak benar-benar padam di beberapa wilayah.

Sable, seorang murid Akademi Sihir Kerjaaan Wenias yang tak memiliki ingatan ketika mendaftar, diberi misi Kepala Sekolah Albus untuk melakukan perjalanan ke bagian selatan benua. Di wilayah itu para penyihir masih mendapatkan perlakuan yang buruk. Dia ditemani Penyihir Fajar, Roux Cristasse si pencari sihir kuno “Grimoire of Zero”, gadis jenius Holtz, serta satu-satunya binatang di sekolah, Kudd.