Mai Mai Shinko to Sennen no Mahou Dengan latar cerita pada tahun 1955, hiduplah Shinko. Ia seorang bocah perempuan yang duduk di kelas 3 SD. Ia selalu menemani kakeknya di ladang. Di sana ia bermain dan tak jarang berimajinasi dengan cerita-cerita dari kakeknya, yang merupakan pensiunan guru, mengenai sejarah kekaisaran Jepang.1000 tahun yang lalu.

Suatu hari, kelasnya kedatangan seorang siswi baru pindahan dari kota. Ia bernama Kiiko, benar benar anak kota dengan penampilan yang rapi, wangi dan alat alat tulisnya yang bagus, hanya saja terlihat pendiam. Tak lama, mereka berdua dilanda insiden aneh seribu tahun sebelumnya…?!