Mugen no Juunin: Immortal anime ini akan mengkisahkan tentang 2 orang yang memiliki tujuan yang sama. Pertama berpusat pada seorang Manji adalah pendekar immortal yang mendapat kutukan hidup abadi. Dia bosan hidup dengan kematian yang telah dia buat. Dia tak punya keahlian selain membunuh dan seorang dukun yang kasih saran ke dirinya. Dia harus membunuh 100 orang jahat untuk mendapatkan satu kebaikan uspaya kutukan keabadiannya lenyap. Dukun itu pun membuatnya menderita serta menyetujui permintaannya dan Manji pun meniti jalan ini.

Dalam perjalannya mendapatkan kebaikan untuk mengakhiri kutukan, dirinya bertemu dengan Rin gadis kecil yang memiliki api dendam. Dua tahun yang lalu ada sekelompok Samurai yang dendam dengan perguruan milik Ayahnya. Semua orang di peguruan tersebut termaksud kedua orang tuanya di bantai secara sadis. Rin pun dibiarkan hidup dengan rasa dendam yang membara kepada mereka.