Mushibugyou bercerita di Feudal Jepang , orang-orang Edo dikepung oleh serangga raksasa yang merusak tanah mereka . Orang-orang dengan putus asa memohon kepada pemerintah untuk melakukan sesuatu hama tersebut . Dengan demikian Dinas Hakim Serasi didirika n, mengumpulkan para pejuang yang kuat untuk mempertahankan diri dari serangan hama .

Mushibugyou mengikuti cerita Jinbee Tsukishima, seorang pemuda yang berusaha menjadi master pedang seperti ayahnya. Untuk menebus insiden mengerikan yang terjadi atas kesalahannya, Jinbee berusaha untuk mengambil tempat ayahnya sebagai anggota Kantor Hakim Serangga . Dalam perjalanannya ke sana, dia bertemu dengan Haru yang cantik, seorang wanita muda yang membantu mengelola rumah teh keluarganya, dan dipaksa untuk menggunakan pedangnya untuk menyelamatkannya dari nasib buruk . Ini tindakan keberanian yang memberinya tempat di Hakim Serangga. Apakah pembasmi pemula ini bisa menyingkirkan para hama dari tanah mereka ?