Natsunagu berpusat pada Keyaki Natsuna seorang mahasiswa dari tokyo, ada sebuah gempa yang cukup besar di prefektur Kumamoto. Natsuna kehilangan kontak dengan seroang teman online bernama Itsuki, dengan rasa kawatir dan penasaran dia pun pergi kesana. Dirinya yang tidak tau apa-apa tentang Kumamoto, selain gambar-gambar yang di kirimkan Itsuki via daring.

Ketika Natsuna tersesat di daerah pedesaan di prefektur Kumamoto, dia bertemu dengan seorang polisi dan seorang gadis SMA yang energik. Dia bernama Izumi Chiba dan bersama dengan anggota keluarganya yang ramah, menawarkan tempat berlindung dan informasi Natsuna untuk membantunya dalam pencariannya. Dengan penduduk setempat yang baik hati ini membantunya di setiap langkah, Natsuna bergerak lebih dekat untuk menemukan apa yang terjadi pada Itsuki.

Ohh ya apa kalian tau tentang gempa bumi Kumamoto pada tahun 2016? Nah anime ini di buat khusus oleh pemerintah Kumamoto untuk memperomosikan kembali Kumamoto pasca bencana tersebut. Ya jadinya kita akan melihat Natsuna yang mencari teman daring nya sambil melihat-lihat tempat wisata populer yang ada disana.