Persona 4 the Animation bercerita tentang tempat di sebuah kota pedesaan bernama Inaba . Ada pembunuhan misterius terjadi setiap kali ada kabut setelah hujan lebat. Ada juga rumor tentang saluran di televisi ditayangkan hanya pada tengah malam disebut Mayonaka TV , di mana dikatakan bahwa orang dapat melihatnya “Alam Lain” ketika menatap layar TV .

Setelah mendengar tentang pembunuhan yang belum terpecahkan baru-baru ini yang terjadi selama kabut , karakter – Narukami , Chie , dan Yosuke – membahas bagaimana masing-masing dari mereka telah mencoba untuk menonton saluran TV misterius dan menyaksikan korban pembunuhan . Protagonis kemudian menyadari bahwa selama tengah malam ketika saluran aktif, tubuhnya dapat fase ke televisi sebagai pintu gerbang untuk memasuki dunia lain penuh dengan bayang-bayang .

Setelah menemukan ini , mereka semua memutuskan untuk mengeksplorasi . Ketika pertama benar-benar memasuki dunia , pusing dan bingung , Mayonaka TV dan pembunuhan kota tampaknya memiliki hubungan . Para korban pembunuhan mungkin hanya korban Mayonaka TV . Setiap orang memutuskan bahwa mereka bersama-sama akan mencoba untuk memecahkan pembunuhan misterius dengan menjelajahi dunia tersembunyi dari Mayonaka TV.