Phantom in the Twilight Bercerita di London masa kini, menceritakan dunia di mana Shadows lahir dari ketakutan dan kecemasan manusia. Seorang gadis muda datang untuk belajar di luar negeri malah terlibat dalam insiden aneh saat dia mulai masuk kuliah. Di kota tanpa kenal siapapun, gadis tak berdaya ini masuk ke kafe terlarang, kafe misterius yang hanya buka saat tengah malam. Dia bertemu banyak anu yang bekerja di kafe tersebut.