Prison School sebuah sekolah Hachimitsu Private Academy adalah sekolah asrama bergengsi khusus wanita girls yang ada di pinggir kota Tokyo, terkenal dengan pendidikan berkualitas tinggi dan siswa yang disiplin. Namun, ini semua akan berubah karena revisi kebijakan sekolah yang paling aneh dan sangat bertentangan dengan para siswa, yaitu siswa laki-laki sekarang dapat mendaftarkan diri juga di akademi tersebut.

Pada awal semester pertama berdasarkan keputusan baru ini, hanya lima anak laki-laki yang diterima, perbandingan di antara mereka adalah dua ratus anak perempuan berbanding dengan satu anak laki-laki. Kiyoshi, Gakuto, Shingo, Andre, dan Jo dengan cepat membuangnya tanpa memiliki kesempatan untuk membuat kesan pertama apa pun. Karena tidak dapat berkomunikasi dengan sesama siswa perempuan mereka, anak laki-laki yang sangat bersemangat mengarahkan perhatian mereka pada tugas yang jauh lebih berbahaya: mengintip ke dalam kamar ganti!