Re-Main berpusat pada Minato Kiyoumizu, seorang anak laki-laki yang berhenti bermain polo air setelah insiden yang menimpanya saat musim dingin ketika dia kelas 3 SMP. Setelah masuk SMA, dia membuat janji dan memutuskan untuk mencoba polo air lagi dan bergabung dengan tim sekolah bersama teman-temannya. Namun, tim barunya akan mengalami masalah di banyak masalah yang tidak pernah dia pikirkirakan sebelumnya. Apakah Minato bisa mengulang kembali prestasinya ketika dia masih di SMP?