Rockman.EXE Axess Ayah Netto, Yuuichirou Hikari, telah membuat terobosan ilmiah dengan memperkenalkan “chip sinkronisasi”. Jika seorang operator dan navi-nya berada di lingkungan khusus yang dikenal sebagai “area dimensi”, mereka dapat bergabung bersama di dunia nyata melalui teknik yang disebut “fusi silang”! Subjek tes pertama Yuuichirou, Misaki Gorou, mencoba proses tersebut dan sayangnya gagal. Netto menawarkan untuk mencoba dengan Rockman, tapi ayahnya melarangnya. Cross Fusion sangat membebani kesehatan operator, dan bertarung di dunia nyata bisa berarti kematian.