Rockman.EXE Stream setelah kejadian di musim sebelumnya. Kisah dimulai ketika Lan dan teman-temannya diundang ke kota Cyber City, sebuah kota maju yang menjadi pusat teknologi dan ilmu pengetahuan. Di sana, mereka mengetahui tentang ancaman baru dari organisasi misterius bernama Duo, yang berencana menghancurkan umat manusia karena menganggap mereka sebagai ancaman.

Dalam menghadapi ancaman ini, Lan dan Rockman.EXE harus bekerja sama dengan berbagai karakter baru, termasuk NetNavi dari negara lain, untuk menghentikan rencana Duo. Musim ini penuh dengan tantangan yang lebih besar, teknologi yang lebih canggih, dan pertempuran sengit. Bersama-sama, Lan dan MegaMan.EXE berjuang tidak hanya untuk menyelamatkan kota, tetapi juga untuk menyelamatkan seluruh dunia dari ancaman kehancuran.