Ryuusei no Rockman Tribe Seri kedua ini akan mengikuti peristiwa dari permainan video kedua, dengan fokus pada benua hilang Mu. Peradaban kuno tersebut menghilang zaman dahulu, dan beberapa sisa-sisanya masih ada sebagai mitos dan legenda yang disebut UMAs (unidentified lifeforms). UMAs mulai bergabung dengan manusia untuk mencari harta karun Mu, yaitu ooparts yang kuat, yang akan memberi mereka kekuatan untuk menghidupkan kembali Mu.

Setelah Subaru dan War-Rock menghadapi beberapa musuh yang tidak biasa, mereka bertemu dengan seorang profesor bernama Doktor Orihime yang mengirim mereka dalam pencarian untuk menemukan ooparts dan menghentikan UMAs. Dengan menggunakan ooparts, Rockman dapat mengambil bentuk baru, termasuk Thunder Berserk, Fire Dinosaur, dan Green Shinobi.