Spy Kyoushitsu intinya sih menceritakan sekumpulan murid-murid gagal dari berbagai sekolah mata-mata yang di kumpulkan dalam satu tim. Setelah konflik militer yang besar, negara-negara berperang dalam bayang-bayang. Klaus, seorang mata-mata yang tidak biasa, yang tak pernah gagal dalam mengemban misi. Dia sedang membangun tim untuk menjalankan Misi Mustahil yang tingkat kegagalannya lebih dari 90 persen. Namun, anggota yang direkrutnya semuanya tidak memiliki pengalaman praktis. Mereka harus menggunakan setiap trik dalam buku (dan yang lainnya) untuk membuktikan bahwa mereka siap untuk misi itu!