Starship Operators bercerita tentang angkatan ke-73 dari Universitas Pertahanan Planet Kibi. Saat mereka kembali ke rumah setelah pelayaran perdana Amaterasu, mereka menemukan bahwa planet asal mereka. Telah ditaklukan oleh salah satu kelompok kuat bernama Henrietta atau Aliansi Bangsa-Bangsa Planet Henrietta.

Komando pertahan Planet Kibi di bubarkan dan para pemimpinnya di turunkan, sesuai tuntutan para penakluk. Ditinggal sendirian di kapal, para taruna memutuskan untuk mempertahankan rantai komando mereka dan terus berjuang. Untuk tujuan ini, mereka telah memutuskan untuk meminta Galaxy Network untuk mendanai operasi Amaterasu sebagai negara mandiri yang melarikan diri dengan imbalan membiarkan mereka menyiarkan petualangan kapal secara langsung – sebagai program reality TV.

Alur cerita novel ini juga menampilkan Amaterasu yang menemukan jalannya melalui ruang angkasa untuk mencapai zona kontrol kekuatan super lain, Federasi Independen Henrietta, untuk perlindungan.