Tokyo Ghoul:re ini bisa di bilang kelanjutan dari seri sebelumnya, setelah perang besar atau bisa di sebut season 3 mungkin yang menceritakan dua tahun berlalu semenjak penyerbuan CCG ke Anteiku. Walaupun atmosfir dari Tokyo sudah berubah drastis karena pengaruh CCG, ghouls masih saja membuat masalah dengan memberi peringatan terutama organisasi teroris Aogiri yang mengetahui jika CCG mulai mengancam keberadaan mereka.

Pembentukan tim spesial yang dinamai Quinx, membantu CCG untuk melenyapkan warga-warga Tokyo tidak diinginkan. Manusia yang menjalani operasi agar bisa menggunakan kekuatan ghoul, mereka ikut dalam operasi untuk menumpas mahluk-mahluk berbahaya. Pemimpin tim ini, Haise Sasaki adalah setengah ghoul dan setengah manusia yang sudah dilatih oleh penyelidik terkenal Kishou Arima.Namun, ada sesuatu terjadi saat dia bertemu dengan seseorang yang tidak diketahui yang mengingatkan akan jati diri dia yang sebenarnya.