Aoi Umi no Tristia di adaptasi dari visual novel dengan judul yang sama, berpusat pada Tristia sebuah kota yang terletak di tepi lautan. Dahulu, kota ini dikenal sebagai pusat perdagangan maritim yang sibuk dan dijuluki sebagai “permata lautan” karena keindahannya yang memukau.

Namun, kejayaan itu tinggal kenangan. Serangan dari para naga menghancurkan kota dan menghapus pesona yang pernah dimilikinya. Warga Tristia berjuang keras untuk membangun kembali kota mereka, tapi semua usaha itu gagal. Lambat laun, Tristia menjadi kota yang sunyi dan terlupakan.

Di tengah keputusasaan, mereka mengundang seorang Pengrajin Agung bernama Prospero Flanka—penemu jenius yang dikenal mampu membangkitkan kembali kota-kota yang hampir hancur. Harapan kembali muncul.

Hari yang dinanti pun tiba. Tapi alih-alih Prospero sendiri, hanya seorang gadis muda yang tampak berdiri di pelabuhan. Ternyata, yang datang adalah cucu Prospero—Nanoka—yang dikirim untuk mewakilinya dan memulai langkah pertama dalam membangkitkan kembali kejayaan Tristia.