Ancient Books of Ys Binatang mistis mengepung orang-orang Esteria, yang telah mengumpulkan pasukan untuk melawan. Binatang buas itu tak henti-hentinya dan tampaknya tidak ada habisnya jumlah mereka, sementara populasi pembela berkurang di setiap pertempuran kecil. Bahkan di kota Minea, di mana orang-orangnya tinggal dengan aman di balik tembok kastil, serangan terus-menerus telah membuat mereka putus asa. Saat itulah sebuah nubuatan dibuat, memproklamasikan kedatangan jiwa muda pemberani yang bisa menjadi orang yang akan membawa keselamatan mereka.

Ys mengikuti Adol Christin, seorang petualang yang didorong oleh nafsu berkelana menuju pulau Esteria, yang terdampar di pantai setelah karam. Mengikuti bimbingan peramal Sarah Tovah, ia dan sekutunya akan menjelajahi pulau untuk mencari buku besar legendaris yang dikenal sebagai Buku Ys. Ini akan menjadi perjalanan yang panjang dan berbahaya, tetapi jika takdir benar-benar bekerja maka Adol pasti akan menjadi pahlawan yang mengembalikan perdamaian ke Esteria.