Z/X: Code Reunion melanjutkan cerita dari anime sebelum nya. Perjanjian damai telah membuat gencatan senjata untuk manusia dan Z/X, makhluk yang muncul dari retaknya ruang waktu yang terhubung ke dunia misterius. Menjadi rekan Z/X yang bernama Rigel, Kakamigahara Azumi harus mengemban nasib dunianya sendiri yang indah. Rekan yang tidak biasa ini pergi ke Akademi Fujimisaki yang baru didirikan, tapi apa yang menunggu mereka di sana?